iPod bisa memainkan dokumen dengan format MP3, WAV, AAC/M4A, Protected AAC, AIFF, Audible audiobook, dan Apple Lossless. Alat tersebut tidak bisa memainkan dokumen dengan format OGG Vorbis, FLAC, Windows Media AudioRealAudio. Apple Computer mungkin tidak akan mendukung format tersebut, karena mereka dianggap sebagai saingan piranti lunak QuickTime yang dikembangkan Apple Computer. Piranti lunak iTunes versi Windows bisa mengubah dokumen WMA menjadi AAC dengan pengecualian pada dokumen yang memiliki copy protection. (WMA), atau

Apple mendisain iPod untuk bekerja dengan piranti lunak iTunes, yang memungkinkan penggunanya untuk mengatur koleksi musiknya di komputer dan iPod. iTunes bisa secara langsung menyelaraskan sebuah iPod dengan koleksi lagu tertentu atau dengan seluruh koleksi yang dimiliki penggunanya pada saat iPod tersebut disambung dengan sebuah komputer.

iPod generasi pertama berfungsi khusus hanya sebagi perangkat pemain musik. Pembaharuan firmware selanjutnya menambahkan fungsi PDA: Perangkat tersebut kemudian bisa menyimpan informasi dari buku alamat dan piranti lunak iCal yang ada di dalam Macintosh yang dipakai oleh penggunanya. iPod juga bisa menampilkan dokumen teks walaupun tidak bisa dimanipulasi dengan menggunakan iPod.